Le festival a favorisé, au fil de ses éditions, la structuration d'une filière professionnelle autour de l'animation à Annecy, avec l'ouverture d'une Cité internationale du cinéma d'animation qui accueille notamment une résidence dédiée à de nouveaux projets de longs métrages, accompagnés jusqu'à leur sortie en salle ou sur les plateformes de diffusion. Trois nouveaux projets de longs métrages ont par exemple été accueillis dans cette résidence à l'automne 2026. Cette dimension professionnelle s'ajoute à la programmation grand public, ce qui distingue Annecy de la plupart des festivals de cinéma organisés autour d'un seul temps fort annuel, sans volet marché associé. L'organisation s'implique aussi dans des rencontres sectorielles plus larges consacrées à l'avenir du cinéma d'animation, à l'image d'un sommet organisé récemment avec d'autres acteurs du secteur. Elle prépare également ses prochaines éditions plusieurs années à l'avance, allant jusqu'à recruter un délégué artistique chargé de la programmation pour des éditions à venir.
Le festival se tient traditionnellement au mois de juin, avant la période estivale, avec un marché professionnel organisé en parallèle sur des dates proches. Des navettes sont mises en place depuis l'aéroport pour faciliter l'accès à la ville pendant la période du festival, et des conditions d'accès spécifiques s'appliquent aux salles de projection selon les jours et les séances. Billetterie, programme complet, modalités d'accès aux salles et calendrier détaillé de l'édition à venir sont publiés sur le site officiel du Festival et du Marché international du film d'animation d'Annecy, qui centralise l'ensemble des informations pratiques pour le public comme pour les professionnels, y compris le palmarès de l'édition précédente et des vidéos de temps forts, consultables en ligne toute l'année.
